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1、腐熟度：发酵的腐熟程度
1)外观变化：直观定性判断标准是发酵不再进行激烈的分解，成品温度较低;外观呈茶褐色或黑色;结构疏松;没有恶臭。
2)温度变化：通常肥堆经过了高温阶段后，温度将逐渐下降。当发酵达到腐熟时，堆温将低于40℃。
2、化学指标
1)有机质和挥发性固体含量的变化：随着发酵的进行，发酵有机质和挥发性固体含量呈持续下降的趋势，*后达到基本稳定。达到腐熟时，可下降15-30%。然而这种变化趋势受原料来源的影响很大。仅用其来衡量发酵是否腐熟，还不充分。
2)氮、C/N比及无机氮形态的变化：在发酵过程中部分有机碳将被氧化成CO2挥发损失，肥堆质量减少。由于氮的损失(主要是在有机氮的氨化阶段，少量的氨氮会挥发损失)远低于有机碳的损失，因此，发酵腐熟后，发酵中全氮含量有上升的趋势，而C/N比持续下降，直至稳定。一些研究指出，当堆料的C/N比从25～35:1下降至20:1以下时，肥堆将达到稳定。
水溶性有机碳(C)及水溶性有机碳与有机氮之比：水溶性有机碳与水溶性有机氮的比值是发酵腐熟的良好化学指标，该值约为5-6时表明发酵已经腐熟，而且该值与发酵原料无关。
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