90年代，刘荣昌等研发出以“环状芽孢杆菌”为有效菌的“生物钾肥”，许景钢研发出“土壤磷素活化剂”！这一时期出现的微生物肥料的特点是成分为单一的营养菌，主要通过利用微生物特性来提高土壤中主要营养元素的含量和有效性!║效果VS问题微生物肥料应用效果增加作物产量：王素英等人在2003年的统计结果表明各类微生物肥料的增产幅度在10%左右，其中以复合微生物肥料增产效果明显，达到20%以上.吕彦彬等人在2009年的研究结果表明：单独施用微生物肥料没有配施有机肥或化肥对马铃薯的增产效果明显，同时说明微生物肥料在作物增产中只起到辅助作用，不能代替有机肥和化肥而单独使用！

　　改善作物品质微生物肥料能改善作物品质已是不争的事实！某些微生物肥料即使没有明显的增产作用，但仍然能改善作物品质.施用微生物肥料能够在明显提高蔬菜含糖量和维生素C含量的同时降低蔬菜的硝酸盐含量！微生物肥料对水果品质的影响也比较明显.刘利军等人在2007年的研究中表明：在使用微生物肥料后，砀山酥梨叶片氮含量显著降低，微量元素含量、糖酸比、含糖量和Vc含量等明显增加，并证明了果实的品质、耐贮性和梨果的等级均显著提高!

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　　同时微生物肥料市场鱼目混杂，国家在该类肥料的质量监管上还没有形成完善的规章制度和产品标准!菌种纯度不高、针对性不强微生物肥料具有生态适应性，施用时应依据当地生态状况、作物品种、土壤类型和耕作方式等确定具体施用方式和施用量，有针对性地筛选出高适应的功能菌种，以达到较佳的作用效果。但是绝大多数微生物肥料企业还在使用分离筛选及传统育种等相对滞后的菌种选育技术，造成微生物肥料地域针对性不强，适应性较差，个别企业甚至提纯复壮做的都很不到位，导致菌种纯度下降、活性衰减、田间效果不稳定或迅速下降。

　　复合微生物肥料：即多种微生物通过一定比例混合在一起所形成的微生物制剂。微生物+有机肥=生物有机肥微生物+化肥=生物复混肥微生物+有机肥+化肥=生物有机无机复合(复混)肥║农业部登记的微生物肥料种类目前农业部登记的微生物肥料产品共有：9个菌剂类品种：根瘤菌剂、固氮菌剂、溶磷菌剂、硅酸盐菌剂、菌根菌剂、光合菌剂、有机物料腐熟剂、复合菌剂和土壤修复菌剂!2个菌肥类品种：复合生物肥料和生物有机肥料。在剂型上分为液体和固体，固体又分为粉末和颗粒等.

　　减轻病虫药害张伟卫等人在2013年的试验结果表明微生物肥料对大田棉花枯萎病和茄子黄萎病均具有稳定的控制作用，病情指数分别降至32和25！烟草微生物肥料能减轻烟草病毒病害、促进烟草的生长，降低杂气和刺激性。荆瑞勇等在2009年的研究结果表明微生物肥料能有效减轻土壤中残留除草剂对作物的药害！改善土壤结构长期施用微生物肥料，能够恢复土壤团粒结构的形成，起到疏松土壤、消除土壤板结、改善土壤结构的作用！据报道，在北方寒地黑土上连续3年施用土壤磷素活化剂，土壤容重下降0!

　　1~0！3，疏松土壤效果非常显著!也有研究表明施入微生物菌肥后，由于微生物大量繁殖，促进了土壤中有机质的释放，改善了土壤的理化性质，增加了土壤团粒，改善了土壤结构。║微生物肥料存在的问题配套体系不够完善目前，我国还没有形成有利于微生物肥料应用的农业施肥、推广和监管体系。在发达国家大豆接种根瘤菌已成为常规耕作措施，而我国东北大豆根瘤菌的接种率却不到10%！玉米、水稻等大田作物化肥施用量过度，微生物肥料、有机肥料施用很少，短期行为普遍，推广力度和政策支持明显不足。

　　作用效果不稳定微生物肥料的应用效果受很多因素影响，除肥料本身的活性菌种类、含量、纯度等内在因素外，环境条件也是影响肥料效果的重要因素，如底物浓度、温度、湿度、土壤pH值等，导致很多微生物肥料的使用效果与预期相差很多，并且地块间，年度间的差别很大.║微生物肥料的分类我国微生物肥料种类繁多，截至目前还没有一套完整统一的分类系统，根据分类的标准不同，有如下几种分类方法：按作用机理分类狭义的微生物肥料：指通过微生物的生命活动增加植物营养元素的活性和供应量，进而增加产量，即含有肥料特性的微生物制剂，这类产品虽不具有养分，但却有肥料的功能。