宏基因组学的发展经历了4个阶段：环境基因组学1991年第一次提出环境基因组学(environmentalgenomics)的概念，同年构建了一个通过克隆环境样品中DNA的噬菌体文库!1998年美国国立环境卫生科学研究所启动了环境基因组计划(environmentalgenomeproject，EGP)，开展有关人体遗传变异与环境胁迫相互关系的研究.环境基因组学第一次提出特定生态条件下，全部生物基因组总体概念，这是基因组学的重要进展。

　　宏基因组学在微生态学上的应用Zhang等构建红树林淤泥宏基因组文库,通过PCR扩增及变性梯度凝胶电泳(DGGE)对该区域固氮菌的多样性进行分析,结果揭示红树林地区固氮菌的生物多样性特征,其结果表明多数为变形菌,也含少数的固氮菌属、除硫单胞菌属、德克斯氏菌属和根瘤菌等!张薇等采用宏基因组技术对西北黄土高原柠条种植区土壤微生物多样性进行分析,发现变形杆菌纲是根表土壤区系中的有优势微生物菌群(70!3%),尤其存在大量能够诱导植物形成根瘤的根瘤菌和对植物有促生长作用的γ-Proteobacteria类微生物,说明了植物根系和土壤环境微生物菌群具有相互选择性！

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　　2003年Breitbart等第一次通过构建宏基因组文库对人体排泄物中的未培养病毒多样性进行研究,经过扩增及鸟枪测序鉴定,结果表明获得的病毒大约有1200种基因型,其基因序列与先前报道的病毒序列具有很大的差异性,多为新的基因型病毒,并揭示存在人体中的新病毒与人类疾病可能具有一定的相互性。2005年Cann等通过构建宏基因组文库对马排泄物中的未培养病毒多样性进行研究,经过测序鉴定,获得233种不同基因型的病毒,其中52%为长尾噬菌体科,26%为未分类的噬菌体,17%为肌病毒科，4%为短尾病毒科，2%为脊椎动物正痘病毒.

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　　环境微生物是自然界中分布广、种类多、数量大的生物类群!自1663年,列文虎克利用自制显微镜第一次揭开微生物神秘的面纱之后近300多年的时间里,人们对于微生物的研究主要是建立在纯培养基础上,后来人们发现通过纯培养方法估计的环境微生物多样性只占总量的0.1%~1%,这使得微生物的多样性资源难以得到全的开发和利用,如何充分开拓利用环境微生物新资源是目前环境微生物研究的重要课题之一。近年来发展起来的宏基因组学技术避开传统的微生物分离培养方法直接从环境样品中提取总DNA,通过构建和筛选宏基因组文库来获得新的功能基因和生物活性物质,宏基因组文库既包括了可培养的,又包括了未可培养的微生物遗传信息,因此增加了获得新生物活性物质的机会.

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　　微生物基因组学1998年提出生命研究对象应是生物环境中全部微小生物的基因组，第一次提出针对特定环境样品中细菌和真菌的基因组总和进行研究的这一宏基因组(metagenome)概念2007年3月，美国国家科学院以“环境基因组学新科学——揭示微生物世界的奥秘”为题发表咨询报告，指出宏基因组学为探索微生物世界的奥秘提供新的方法，这是继发明显微镜以来研究微生物方法的重要进展，是对微生物世界认识的革命性突破宏基因组学广义宏基因组是指特定环境下所有生物遗传物质的总和，它决定了生物群体的生命现象!

　　它是以生态环境中全部DNA作为研究对象，通过克隆、异源表达来筛选有用基因及其产物，研究其功能和彼此之间的关系和相互作用，并揭示其规律的一门科学狭义宏基因组学则以生态环境中全部细菌和真菌基因组DNA作为研究对象，它不是采用传统的培养微生物的基因组，包含了可培养和还不能培养的微生物的基因，通过克隆、异源表达来筛选有用基因及其产物，研究其功能和彼此之间的关系和相互作用，并揭示其规律人类宏基因组学的阶段!把人体内所有微生物菌群基因组的总和称为“人体宏基因组”(humanmetagenome).中国与东盟自贸区这个由发展中国家组成的世界最大自由贸易区，因其涵盖19亿人口、接近6万亿美元生产总值和4.5万亿美元贸易总额而成为中国和东盟乃至区域外众多企业眼中的“聚宝盆”。再加上如今东盟市场上普遍能使用优惠原产地证书及关税壁垒的逐步消除，为中国和东盟企业创建了更加便利的发展平台，必将刺激贸易量增加，促进贸易结构改善和区域内贸易的发展，为我市企业与东盟贸易发展和经济合作创造了良好的平台和增添了新的动力。