一般包括从环境样品中提取基因组DNA,进行高通量测序分析，或克隆DNA到合适的载体，导入宿主菌体，筛选目的转化子等工作.特定生物种基因组研究使人们的认识单元实现了从单一基因到基因集合的转变，宏基因组研究将使人们摆脱物种界限，揭示更高更复杂层次上的生命运动规律.在目前的基因结构功能认识和基因操作技术背景下，细菌宏基因组成为研究和开发的主要对象!细菌宏基因组、细菌人工染色体文库筛选和基因系统学分析使研究者能更有效地开发细菌基因资源，更深入地洞察细菌多样性！

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　　Fierer等通过构建牧场、沙漠、雨林土壤宏基因组文库对环境中细菌、古生菌、真菌及病毒多样性进行了研究,并揭示了土壤环境中包含着大量不可培养的新病毒种类,其基因型特征与常规培养获得的病毒具有很大的差异性.Kim等通过构建稻田土壤宏基因组文库,利用多重置换扩增(MDA)技术对土壤样品中病毒基因多样性进行了研究,结果表明扩增得到的病毒基因序列与目前报道的病毒序列具有很大的差异性,进一步说明了土壤环境中包含着大量不可培养的病毒种类!

　　宏基因组(Metagenome)（也称微生物环境基因组MicrobialEnvironmentalGenome,或元基因组）是由Handelsman等1998年提出的新名词，其定义为“thegenomesofthetotalmicrobiotafoundinnature”,即环境中全部微小生物遗传物质的总和。它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因，目前主要指环境样品中的细菌和真菌的基因组总和。宏基因组学(或元基因组学，metagenomics)是一种以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象，以功能基因筛选和/或测序分析为研究手段，以微生物多样性、种群结构、进化关系、功能活性、相互协作关系及与环境之间的关系为研究目的的新的微生物研究方法!

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　　微生物基因组学1998年提出生命研究对象应是生物环境中全部微小生物的基因组，第一次提出针对特定环境样品中细菌和真菌的基因组总和进行研究的这一宏基因组(metagenome)概念2007年3月，美国国家科学院以“环境基因组学新科学——揭示微生物世界的奥秘”为题发表咨询报告，指出宏基因组学为探索微生物世界的奥秘提供新的方法，这是继发明显微镜以来研究微生物方法的重要进展，是对微生物世界认识的革命性突破宏基因组学广义宏基因组是指特定环境下所有生物遗传物质的总和，它决定了生物群体的生命现象.

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　　环境微生物是自然界中分布广、种类多、数量大的生物类群!自1663年,列文虎克利用自制显微镜第一次揭开微生物神秘的面纱之后近300多年的时间里,人们对于微生物的研究主要是建立在纯培养基础上,后来人们发现通过纯培养方法估计的环境微生物多样性只占总量的0。1%~1%,这使得微生物的多样性资源难以得到全的开发和利用,如何充分开拓利用环境微生物新资源是目前环境微生物研究的重要课题之一!近年来发展起来的宏基因组学技术避开传统的微生物分离培养方法直接从环境样品中提取总DNA,通过构建和筛选宏基因组文库来获得新的功能基因和生物活性物质,宏基因组文库既包括了可培养的,又包括了未可培养的微生物遗传信息,因此增加了获得新生物活性物质的机会！

　　它是以生态环境中全部DNA作为研究对象，通过克隆、异源表达来筛选有用基因及其产物，研究其功能和彼此之间的关系和相互作用，并揭示其规律的一门科学狭义宏基因组学则以生态环境中全部细菌和真菌基因组DNA作为研究对象，它不是采用传统的培养微生物的基因组，包含了可培养和还不能培养的微生物的基因，通过克隆、异源表达来筛选有用基因及其产物，研究其功能和彼此之间的关系和相互作用，并揭示其规律人类宏基因组学的阶段.把人体内所有微生物菌群基因组的总和称为“人体宏基因组”(humanmetagenome)。

　　宏基因组学在海洋微生物资源开发上的应用宏基因组工程与海洋生物学进行有机的结合，促使人类了解许多为培养海洋微生物的基因组序列及其功能产物，在海洋天然药物研究、海洋极端环境微生物研究、海洋微生物多样性探索中具有十分重要的应用前景!Martín等构建地中海深层水体微生物宏基因组文库,通过序列分析和16SrRNA系统发育比对,发现该水体的微生物种群与太平洋阿罗哈水域中层水体的微生物种群具有一定的相似性,并提出在无光的条件下,温度是影响微生物种群在水体中分布的主要因素！