产品介绍PMA是一种高亲和性的DNA结合染料,该染料本身具有微弱的荧光,但与核酸结合后可以发出更为明亮的荧光。它尤其与双链DNA具有高亲和性!PMA不具有细胞膜渗透性,因此可选择性地修饰膜受损的死细胞的DNA!PMA修饰的DNA经蓝光(~464nm)光解后,PMA上的光反应性叠氮基转化为高反应性氮烯自由基,与DNA结合位点附近的任何烃部分反应形成稳定的共价氮碳键,从而导致永,久性DNA修饰(图1)!
为了您的安全和健康,请穿实验服并戴一次性手套操作.死细菌的dCt取决于许多因素,包括:菌株系/细胞类型;细菌被杀死方式;PMA使用浓度;扩增序列长度!活细菌占比计算如果死、活细菌对照结果正常,可以进入样本中活细菌占比计算!计算样本的dCt值:转换dCt值为活细菌比例:计算活细菌的绝,对数量dCt样本=Ct(样本,PMA处理)-Ct(样本,PMA未处理)PMA抑制倍数=2(样本dCt)活细菌%=100/PMA抑制倍数如果想计算样本中活细菌的绝,对数量☆,需要用已知数量的目标菌的基因组DNA制作标准曲线.
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该修饰过程会使DNA不溶,并使其在随后的基因组DNA提取过程中与细胞碎片一起丢失,进而阻碍死细胞中目标DNA的PCR扩增!残留在溶液中未结合的PMA,在强光照射下与水分子反应分解成无交联活性的羟胺化合物,使羟胺不再能够共价结合DNA,从而不影响PCR扩增。这个特性使得PMA可以通过实时定量PCR(qPCR)的手段,检测多种样本类型包括:细菌、生物膜、酵母、真菌、病毒和真核细胞;与qPCR、NGS、Sanger测序和LAMP技术相结合,广泛应用在食品和水安全和环境测试中。
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建议稀释的几组基因组浓度在qPCR分析体系的范围内!以Ct值为纵坐标,细胞数为横坐标,制作标准曲线.计算实验样本的拷贝数:Ct=斜率*细胞数+y轴截距(y=mx+b)细菌数样本=(Ct–y轴截距)/斜率注:☆纯化过程中活细菌DNA未损失!示例:E!coli(uidA)图活/死大肠杆菌用25μMPMA孵育,然后光解.后提取gDNA,用uidA引物进行扩增.注意事项使用前请将产品瞬时离心至管底,再进行后续实验!
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建议开始PMAqPCR活细菌检测前,先验证引物及PCR程序是否合适!死、活细菌对照dCt计算qPCR结束后,使用仪器软件计算每个样本的Ct值!通过计算每个对照细菌的dCt的方式,判断PMA是否成功抑制了死细菌DNA的扩增,计算如下:dCt活=Ct(活,PMA处理)-Ct(活,PMA未处理)dCt死=Ct(死,PMA处理)-Ct(死,PMA未处理)活细菌的dCt期望值接近于0±1,这表明PMA不会影响活细胞DNA的扩增;死细菌的dCt期望值大于4(dCt为4表示减少了约16倍,即去除了94%的死细菌DNA;dCt为8表示减少了约250倍,即去除了96%的死细菌DNA)。
图PMA修饰DNA后通过qPCR定量活菌和死菌的原理使用方法使用前注意事项PMA根据细胞膜通透性区分死菌和活菌!许多杀死细菌的方法,会导致细胞膜受损,因此适用于PMA检测.但有些方法,如紫外线照射,可能不会立即导致细胞膜破裂!因此,在选择PMA检测之前,需先进行文献检索和预实验确定是否适用于您选择的细菌类型和杀伤方法。PMA处理完细菌后需要进行光解,以使染料与死细胞DNA共价结合。光解操作可以使用蓝色或白色光源!
(1)农残检测主要仪器是配有各种检测器的GC,辅以HPLC,并用GC-MS定性和确证。(2)农残多残留检测仪器均为GC-MS或LC-MS-MS。(3)兽药残留检测仪器比农残检测挡次要求更高,一般用HPLC或GC-MS检测,进一步用HPLC-MS和HPLC-MS-MS定性和确证。(4)国际上高端产品为Agilent、Thermo、Waters、ABI、PerkinEImer、Dionex、Varian等统领。(5)我国近几年来在GC、HPLC、GC-MS方面取得了长足进步。如东西电子、精科、天美、伍丰、温岭、北分、依利特等,虽与上述国际名牌还有些差距,但我确信很适用于县及地(市)级食品安全的初步定性和定量检测,市场广阔,期望国产仪器大有作为。