盲目大量施用生物菌肥，会增加肥料投入成本，降低作物的栽培效益!因此，应根据不同作物的需要和土壤养分状况，科学地确定生物菌肥施肥量，才能达到增产增收的目的！菌肥可与化肥混合使用！如过磷酸钙等施入土壤后易被固定，与菌肥混合施用，可减少养分固定、流失。而且单独施用较大量的化肥或化肥施用不均匀时，容易对作物产生毒副作用，如果与菌肥混合施用，则会减少此类问题发生！但不要将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥(如硫酸钾等)以及稻草灰混合用，因为这些药、肥，很容易杀死生物菌.

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蛋白菌肥

　　微生物拌种剂此类菌肥以草炭作为吸附剂，表面吸附菌肥，在播种或定植前浸泡种子或根部有较好的效果，其原因是菌肥内的微生物提高植物根部吸收营养元素的能力，可使作物增产，并减少部分土传病害的发生！复合生物菌肥除了含有活性微生物外，还含有多种营养物质!有的是有机营养物质和微生物复混配的;有的则是有机物营养物质、无机营养物质和微生物混配的，可提高作物的产量、品质、抗病性，改良土壤理化性质，维持环境平衡.06根际环境保护屏障菌群中的地衣芽孢杆菌等有益微生物施入土壤后，迅速繁殖成为优势菌群，控制根际营养和资源，使重茬、根腐、立枯、流胶、灰霉等病原菌丧失生存空间和条件.

　　使植物根系细胞的细胞壁增厚，纤维化、木质化，并生成角质双硅层，形成阻止病原菌侵袭的坚固屏障！07松土保肥、改善环境丰富的有机质还可以改良土壤物理性状，改善土壤团粒结构，从而使土壤疏松，减少土壤板结，有利于保水、保肥、通气和促进根系发育，为农作物提供适合的微生态生长环境!08刺激有机质释放营养菌群中的巨大芽孢杆菌、胶冻样芽孢杆菌等有益微生物在代谢过程中产生大量的植物内源酶，可明显提高作物对氮、磷、钾等营养元素的吸收率!

　　乳酸菌、嗜酸乳杆菌、凝结芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌等可提高果实中必需氨基酸(赖氨酸和蛋氨酸)、维生素B族和不饱和脂肪酸等的含量！果实口感好，耐储藏，卖价高！04分解有机物质和毒素，防止重茬菌群中的米曲菌、地衣芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌等有益微生物能加速有机物质的分解，为作物制造养分、提供动力，能分解连作有毒有害物质，防止重茬.05增强抗逆性菌肥中的微生物在植物根部大量生长、繁殖，从而形成优势菌群，优势菌群形成局部优势，这样就能抑制和减少病原菌的入侵和繁殖机会，起到了减轻作物病害的功效。

　　02调节生命活动，增产增收菌群中的胶冻样芽孢杆菌、侧孢芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌等有益菌可促进作物根系生长，须根增多。有益微生物菌群代谢产生的植物内源酶和植物生长调节剂经由根系进入植物体内，促进叶片光合作用，调节营养元素往果实流动，膨果增产效果明显！03提高果实品质菌群中的侧孢芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、凝结芽孢杆菌等可降低植物体内硝酸盐含量20%以上，能降低重金属含量，可使果实中Vc含量提高30%以上，可溶性糖提高2~4度!