在毛细管中电渗速度可比电泳速度大一个数量级，所以能实现样品组分同向泳动!正离子的运动方向和电渗和电泳一致，因此它应先流出。中性分子与电渗流同速，随电渗而行.负离子因其运动方向和电渗相反，在中性粒子之后流出.电渗流与pH的关系十分密切。电渗受Zeta电势的影响，Zeta电势由毛细管壁表面的电荷决定，而电荷又受到缓冲溶液的pH值影响，所以电渗流的值是缓冲溶液的pH值的函数，一般随pH值的增大而增大，到中性或碱性时，其值会变得很大.

　　此外，任何影响管壁上解离的因素，如毛细管洗涤过程、电泳缓冲液组成、粘度、温度等都会影响或改变电渗流。电磁场以及许多能与毛细管表面作用的物质如表面活性剂、蛋白质等，都可以对电渗流产生很大影响。分离模式毛细管电泳根据分离模式不同可以归结出多种不同类型的毛细管电泳，见表1!毛细管电泳的多种分离模式，给样品分离提供了不同的选择机会，这对复杂样品的分离分析是非常重要的。表1毛细管电泳类型类型缩写说明1单根毛细管毛细管区带电泳CZE毛细管和电极槽灌有相同的缓冲液毛细管等速电泳CITP使用两种不同的CZE缓冲液毛细管等电聚焦CIEF管内装pH梯度介质，相当于pH梯度CZE胶束电动毛细管色谱MEKC在CZE缓冲液中加入一种或多种胶束微乳液毛细管电动色谱MEEKC在CZE缓冲液加入水包油乳液高分子离子交换毛细管电动色谱PICEC在CZE缓冲液中加入可微观分相的高分子离子开管毛细管电色谱OTCEC使用固定相涂层毛细管，分正、反相于离子交换亲和毛细管电泳ACE在CZE缓冲液或管内加入亲和作用试剂非胶毛细管电泳NGCE在CZE缓冲液中加入高分子构成筛分网络2单根填充管毛细管凝胶电泳CGE管内填充凝胶介质，用CZE缓冲液聚丙烯酰胺毛细管凝胶电泳PA-CGE管内填充聚丙烯酰胺凝胶琼脂糖毛细管凝胶电泳Agar-CGE管内填充琼脂糖凝胶填充毛细管电色谱PCCEC毛细管内填充色谱填料，分正、反相于离子交换等3阵列毛细管电泳CAE利用一根以上的毛细管进行CE操作4芯片式毛细管电泳CCE利用刻制在载玻片上的毛细通道进行电泳5联用毛细管电泳/质谱CE/MS常用电喷雾接口，需挥发性缓冲液毛细管电泳/核磁共振CE/NMR需采用停顿式扫描样品峰的测定方法毛细管电泳/激光诱导荧光CE/LIF具单细胞、单分子分析潜力操作方式毛细管电泳仪毛细管电泳可以按操作方式重新分为手动、半自动及全自动型毛细管电泳.

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　　标准毛细管的外径为375μm，有些管的外径为160μm!毛细管的特点是：容积小（一根100cm×75μm管子的容积仅4μL）；侧面/截面积比大，因而散热快、可承受高电场（100-1000V/cm）；可使用自由溶液、凝胶等为支持介质；在溶液介质下能产生平面形状的电渗流。由此，可使毛细管电泳具备如下优点高塔板数目在105-106片/m间，当采用CGE时毛细管电泳色谱图，塔板数目可达107片/m以上；快速一般在十几分钟内完成分离；微量进样所需的样品体积为nL级；多模式可根据需要选用不同的分离模式且仅需一台仪器；经济实验消耗不过几毫升缓冲溶液，维持费用很低；自动CE是目前自动化程度较高的分离方法.

　　分离通道形状按分离通道形状分为圆形、扁形、方形毛细管电泳等。缓冲液的介质根据配制缓冲液的介质的不同，可以把CE分为水相毛细管电泳和非水毛细管电泳（NACE）！NACE是以有机溶剂作介质的电泳缓冲液代替以水为介质的缓冲溶液，增加了疏水性物质的溶解度，特别适用于在水溶液中难溶而不能用CE分离的物质或在水溶液中性质相似难以分离的同系物，拓宽了CE的分析领域!毛细管电泳通常使用内径为25-100μm的弹性（聚酰亚胺）涂层熔融石英管。

　　毛细管电泳的缺点是：由于进样量少，因而制备能力差；由于毛细管直径小，使光路太短，用一些检测方法（如紫外吸收光谱法）时，灵敏度较低；电渗会因样品组成而变化，进而影响分离重现性.CE具有多种分离模式（多种分离介质和原理），故具有多种功能，因此其应用十分广泛，通常能配成溶液或悬浮溶液的样品（除挥发性和不溶物外）均能用CE进行分离和分析，小到无机离子，大到生物大分子和超分子，甚至整个细胞都可进行分离检测。它广泛应用于生命科学、医药科学、临床医学、分子生物学、法庭与侦破鉴定、化学、环境、海关、农学、生产过程监控、产品质检以及单细胞和单分子分析等领域!