菌肥的分类有固氮作用的菌肥包括根瘤菌、固氮菌、固氮蓝藻等分解土壤有机物的菌肥包括有机磷细菌和复合细菌等分解土壤中难溶性矿物的菌肥包括硅酸盐细菌、无机磷细菌等促进作物对土壤养分利用的菌肥包括菌根菌等抗病及刺激作物生长的菌肥包括抗生菌、增产菌等近年来，各类有关菌肥的研究多集中在固氮菌类、微生物拌种剂和复合菌类等方面，下面来简要介绍一下。固氮菌类指能在土壤或作物根际生活，并固定空气中氮气的微生物为菌种，用液体深层发酵而制成的活体制品，施入土壤后能提高作物吸收氮肥的能力！

　　乳酸菌、嗜酸乳杆菌、凝结芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌等可提高果实中必需氨基酸(赖氨酸和蛋氨酸)、维生素B族和不饱和脂肪酸等的含量!果实口感好，耐储藏，卖价高.04分解有机物质和毒素，防止重茬菌群中的米曲菌、地衣芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌等有益微生物能加速有机物质的分解，为作物制造养分、提供动力，能分解连作有毒有害物质，防止重茬！05增强抗逆性菌肥中的微生物在植物根部大量生长、繁殖，从而形成优势菌群，优势菌群形成局部优势，这样就能抑制和减少病原菌的入侵和繁殖机会，起到了减轻作物病害的功效!

　　使植物根系细胞的细胞壁增厚，纤维化、木质化，并生成角质双硅层，形成阻止病原菌侵袭的坚固屏障！07松土保肥、改善环境丰富的有机质还可以改良土壤物理性状，改善土壤团粒结构，从而使土壤疏松，减少土壤板结，有利于保水、保肥、通气和促进根系发育，为农作物提供适合的微生态生长环境!08刺激有机质释放营养菌群中的巨大芽孢杆菌、胶冻样芽孢杆菌等有益微生物在代谢过程中产生大量的植物内源酶，可明显提高作物对氮、磷、钾等营养元素的吸收率.

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　　凝结芽孢杆菌：可降低环境中的氨气、硫化氢等有害气体！提高果实中氨基酸的含量!米曲霉：使秸秆中的有机质成为植物生长所需的营养，提高土壤有机质，改善土壤结构！淡紫拟青霉：对多种线虫都有防治效能，是防治根结线虫有前途的生防制剂！生物菌肥主要作用三种以上多种复合菌相互促进、相互补充，抗土传病害效果远远大于单一菌种!有益菌群相互协同，共同作用，能使作物达到高产丰产的效果.01促进快速生长菌肥中的微生物在土壤内的生命活动过程中，会产生大量的赤霉素和细胞激素类等物质，这些物质在与植物根系接触后，能调节作物的新陈代谢，刺激作物的生长，从而使作物产生增产效果！

　　盲目大量施用生物菌肥，会增加肥料投入成本，降低作物的栽培效益!因此，应根据不同作物的需要和土壤养分状况，科学地确定生物菌肥施肥量，才能达到增产增收的目的。菌肥可与化肥混合使用！如过磷酸钙等施入土壤后易被固定，与菌肥混合施用，可减少养分固定、流失。而且单独施用较大量的化肥或化肥施用不均匀时，容易对作物产生毒副作用，如果与菌肥混合施用，则会减少此类问题发生!但不要将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥(如硫酸钾等)以及稻草灰混合用，因为这些药、肥，很容易杀死生物菌！

　　地衣芽孢杆菌：抗病、杀灭有害菌!苏云金芽孢杆菌：杀虫(包括根结线虫)，对鳞翅目等节肢动物有特异性的毒杀活性!侧孢芽孢杆菌：促根、杀菌及降解重金属！胶质芽孢杆菌：有溶磷、释钾和固氮功能，分泌多种酶，增强作物对一些病害的抵抗力!泾阳链霉菌：具有增强土壤肥力、刺激作物生长的能力!菌根真菌：扩大根系吸收面，增加对原根毛吸收范围外的元素(特别是磷)的吸收能力.棕色固氮菌：固定空气中的游离氮，增产.光合菌群：是肥沃土壤和促进动植物生长的主力！

　　微生物拌种剂此类菌肥以草炭作为吸附剂，表面吸附菌肥，在播种或定植前浸泡种子或根部有较好的效果，其原因是菌肥内的微生物提高植物根部吸收营养元素的能力，可使作物增产，并减少部分土传病害的发生。复合生物菌肥除了含有活性微生物外，还含有多种营养物质.有的是有机营养物质和微生物复混配的;有的则是有机物营养物质、无机营养物质和微生物混配的，可提高作物的产量、品质、抗病性，改良土壤理化性质，维持环境平衡。06根际环境保护屏障菌群中的地衣芽孢杆菌等有益微生物施入土壤后，迅速繁殖成为优势菌群，控制根际营养和资源，使重茬、根腐、立枯、流胶、灰霉等病原菌丧失生存空间和条件。