广义的微生物肥料：该种微生物肥料略有或没有养分供应功能，但却有其他功效，如刺激植物生长或拮抗某些病原微生物的致病作用，降解有害污染物等，这类微生物肥料更应该称为“微生物制剂”而不是肥料，但现都统称为微生物肥料，在农业部统一登记备案。║按微生物种类划分细菌肥料：如固氮细菌肥料、溶磷细菌肥料、解钾细菌肥料!真菌肥料：该类肥料包括外生菌根菌剂和内生菌根菌剂两种类型，如丛枝菌根、菌根菌剂、兰科菌根菌剂!放线菌肥料：如抗生素菌肥;藻类肥料：如固氮蓝藻等!

　　复合微生物肥料：即多种微生物通过一定比例混合在一起所形成的微生物制剂!微生物+有机肥=生物有机肥微生物+化肥=生物复混肥微生物+有机肥+化肥=生物有机无机复合(复混)肥║农业部登记的微生物肥料种类目前农业部登记的微生物肥料产品共有：9个菌剂类品种：根瘤菌剂、固氮菌剂、溶磷菌剂、硅酸盐菌剂、菌根菌剂、光合菌剂、有机物料腐熟剂、复合菌剂和土壤修复菌剂.2个菌肥类品种：复合生物肥料和生物有机肥料!在剂型上分为液体和固体，固体又分为粉末和颗粒等!

　　1895年由德国科学家Noble研发出世界上早的微生物肥料“Nitragin”根瘤菌接种剂专利产品，从此微生物肥料逐渐进入人们的视线.目前，西方发达国家微生物肥料的使用率已占到其国家肥料使用量的20%以上。国内▼20世纪30年代我国对微生物肥料研究刚刚起步，张宪武率先对大豆根瘤菌接种技术进行研究，他从我国东北各地土壤样本中分离到130个固氮菌菌株并推广150万公顷，使当时大豆平均增产10%以上.70~80年代开始了对丛枝菌根的部分真菌与植物根形成的共生体系的研究.

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　　同时微生物肥料市场鱼目混杂，国家在该类肥料的质量监管上还没有形成完善的规章制度和产品标准！菌种纯度不高、针对性不强微生物肥料具有生态适应性，施用时应依据当地生态状况、作物品种、土壤类型和耕作方式等确定具体施用方式和施用量，有针对性地筛选出高适应的功能菌种，以达到较佳的作用效果！但是绝大多数微生物肥料企业还在使用分离筛选及传统育种等相对滞后的菌种选育技术，造成微生物肥料地域针对性不强，适应性较差，个别企业甚至提纯复壮做的都很不到位，导致菌种纯度下降、活性衰减、田间效果不稳定或迅速下降.

　　作用效果不稳定微生物肥料的应用效果受很多因素影响，除肥料本身的活性菌种类、含量、纯度等内在因素外，环境条件也是影响肥料效果的重要因素，如底物浓度、温度、湿度、土壤pH值等，导致很多微生物肥料的使用效果与预期相差很多，并且地块间，年度间的差别很大!║微生物肥料的分类我国微生物肥料种类繁多，截至目前还没有一套完整统一的分类系统，根据分类的标准不同，有如下几种分类方法：按作用机理分类狭义的微生物肥料：指通过微生物的生命活动增加植物营养元素的活性和供应量，进而增加产量，即含有肥料特性的微生物制剂，这类产品虽不具有养分，但却有肥料的功能！